Yo no he tenido ninguno de los problemas que mencionais, de todas neveras, lo que hago siempre, es lo siguiente:
-Todos los wipes
-pasar un limpiador de kernel
-instalar la ROM
-instalar las gapps
-instalar los dos archivos de optimización
-instalar kernel (a mi me gusta más el kt, pero eso va a gustos)
-al reiniciar, entrar en la app de seguridad y activar los permisos de súperusuario
-instalar titanium o similar, y restaurar
Normalmente, pide lo de analizar las aplicaciones, creo que es cosa de google, o sea que no afecta al problema, pero nunca se sabe, y creó que el problema reside en los permisos, al instalar titanium, o similar, decirle que confiáis en la aplicación. Ya diréis