El recovery "PhilZ Touch 6 v 6.48.4." tiene una opción predeterminada que es precisamente "full wipe + nueva Rom" con ese te sirve, aunque como bien dices, los wipe´s y format que mencionas logran un full wipe...
En cualquier caso, "no os rayeis" mucho con eso, ¡explico! yo he hecho el Full wipe, por dos veces (como madan los eruditos de XDA) y tras subir la nueva ROM desde la 4.2.2 a la 4.4.2 (sin Knox) me encuentro en la raiz, "cosas" que estaban en la 4.2.2. con lo cual el Format, no es a 100 %
Con esos wipes y format... deberias de poder meter la nueva ROM sin trazas en el boot (kernell) que interfiera en nada... al menos mi Nueva ROM 4.2.2 con el último kernell (que va ofreciendo el desarrollador) va fluida y como un tiro
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Recuerda, cuanta más competencia exista en el mundo de la tecnología, mucho mejor para nosotros, los que acabamos pagando los productos.