Todos los datos de usuario se borran. Eso incluye todas las apps que has instalado y yo diría que también los datos de las mismas. Ahora me has hecho dudar, pero aunque el almacenamiento interno no se formateara y conservaras los datos de apps, las apps deberían tener un modo de restauración cuando la vuelvas a instalar (igual que WhatsApp cuando encuentra su carpeta con todos los datos).
Espera alguna respuesta más, porque yo no hago factory reset todos los días
.