Bateria:Es raro, alguna configuracion no acaba de ir bien si tienes un task killer vigila que no este matando continuamente alguna aplicacion como un Clock widget (se pelean y consumen bateria)
Emails: Al hacer wipes se pierde la configuracion de avisos de cuentas(Sobre todo si se han personalizado), hay que entrar en la aplicación y volver a configurar las notificaciones.
Siempre hay que leerse las diferentes recomendaciones de los cocineros, pero es justamente como dices solo que, a mas a mas hay que o formatear la SD o en su defecto borrar las carpetas (android_secure, android, temp y lost.dir) Esto antes de cada cambio de rom he incluso o antes de un Nand restore para no crear conflictos.