A ver... yo no he tocado mucho este tema porque suelo usar la SD para fotos, musica, etc. es decir almacenar para sólo lectura. No suelo pasar apps a la SD. Con lo cual no tengo problema, exceptuando por ejemplo Quickpic que no puedo mover/borrar fotos sólo verlas.
Por lo que sé, se han cambiado los permisos para apps que no son de sistema (aquellas que no vienen preinstaladas) y solamente pueden modificar archivos en su carpeta propia de la SD, del resto sólo pueden leer.
Para mover, borrar archivos usar el explorador de archivos preinstalado y no hay problema. Aunque si es un agobio que por ejemplo descargo un archivo via dropbox, tenga que guardarlo en la interna e ir al explorador para pasarlo a la SD.
Por otro lado, una app de terceros, digamos maliciosa, no puede reescribir ninguna app para extraer datos y enviarselos (por ejemplo el fallo de seguridad ssl de 4.1.1 conocido como Heartbleed). Ahora birn apps como gps y demás que ocupan mucho con los mapas, deberan actualizar cuanto antes al nuevo sistema, pero eso ni depende de android ni de nosotros...
Por último, en google está pasando como con EEUU con la seguridad como bandera, comienzan a ser menos las libertades, siendo éste un código libre, ultimamente ponen muchas condiciones, muchas limitaciones a la hora del diseño o del aspecto vidual como de código. Y lo que nos espera... dicen qje en proximas versiones ni aún siendo root podremos escribir en /system o /app...
¿Tendremos que migrar a otro OS que sea más abierto? ¿Si la ventaja de Android sobre iOS era esa libertad que pasará si lo "cierran?
Saludos
Pd: Esto pasa en todos los dispositivos. A mi me extrañó que samsung incorporara en 4.4 el poder pasar apps a la sd, con tanto problema, cuando en mi note 2012 nunca tuve esa posibilidad...