Teorizando, por logica si tienes solo datos en la sd, no creo que fuera necesario formatear; no obstante si tiene aplicaciones instaladas probablemente si, ya que si esas apk's dejan librerias en la memoria interna cuando son instaladas, al flashear se perderian o serian modificadas por lo que no funcionaria las apk's afectadas y tendrias que volver a instalarlas..... no estoy seguro, pero la logica me dice esto, podrias probar cuando flashees a no formatearla a ver que ocurre.
Saludos