Voy a ver si consigo ayudarte.
1º Flashear se hace desde el recovery, esto es pulsando con el movil apagado el boton home y encendido, entras en modo recovery y ahi elijes choose update.zip, con lo que elijes el archivo que quieras flashear, igual que si metieras una rom.
2º Si no recuerdo mal en el ultimo recovery de Amon viene una opcion para hacer un backup de las aplis de google y luego flashearlas sin mas. Bueno buscando he encontrado al opcion es dentro de backup/restore la penultima opcion te hace un backup de google Bck google files y la ultima el restore.
Espero que te sea de ayuda, por cierto la version del recovery es la 1.7.0 por si no la tienes instalada, en el foro tienes tutoriales para su instalacion asi como de las diferentes roms.