Cwm= recovery, a lo que tu te refieres es a un backtup.
Ese problema me huele a alto consumo de ram (que por gestionar, cierra el whattaps de segundo plano, probocando la lentitud al abrirlo y lo mismo al recibir notificaciones, como no esta en segundo plano te entran tods las notificaciones una vez que lo abras. Revisa que mo tengas algun tasker que este matando el whattaps de segundo plano.