Pues mi experiencia es justo la contraria. De las 4 o 5 veces que he subido de versión desde una rooteada lo primero que he hecho siempre ha sido eliminar los permisos root. Y una vez que no lo hice tuve serios problemas. Por otra parte es lo que aconseja también Perpe que supongo conoces si entras por android-hilfe.de
En tu caso está claro que si no hiciste copia de seguridad de lo que borraste de /system/app/ no te quedará otra que flashear a la versión 5.0.17 oficial para luego saltar a la 5.0.21 oficial y terminal con la "falsa" 5.0.22
Saludos