Todas las aplicaciones descargadas del Market se instalan automáticamente como tus contactos....
Con el Titanium Backup puedes hacer copia y recuperar de todas las aplicaciones y aparte configuraciones como tus wifis, tu favoritos etc...
Pero de todas maneras.. si pones roms cocinadas fijo que tienen el APPSD y mientras que no hagas un wipe de la partición casi todos los programas estarán y no te hará falta reinstalarlos. Alguno los que les pasa que pierden los datos que están en l propio móvil cosa que puedes recuperar desde el titanium Bakcup solo los datos... Pero vamos la gran mayoría de las APPs te funcionaran sin problemas.