¿Qué versión de Android tienes?
Creo recordar que en las primeras Eclairs había un bug en el que los mensajes provenientes de números cortos te marcaba como remitente la primera palabra del mensaje.
A mí, por ejemplo, me agrupaba los que llegaban de Vodafone, con los que me escribía mi novia a través del 101, junto con los que me llegaban de la Universidad. Un caos, vamos.
No sé si será el caso.
De todas formas, me da la sensación de que sólo te pasa con la aplicación nativa. ¿Has comprobado que con cualquier otra aplicación no te pasa? Por ejemplo, Handcent o Chompsms.