Debrias previamente comprobar con rootchek o similares si de verdad tenias root.
Si el problema te lo da SuperSu, tenias que probar con otra como superuser o desinstalar e instalar de nuevo SuperSu.
Yo ahora lo mejor que podrias hacer seria mediante SonyUpdate arreglar los fallos de la ROM, en este momento te quitaria ROOT y RECOVERY.
Luego mediante flashtools yo meteria la rom stock que quisiera haciendo todos los wipes.
Rootearia y meteria recovery.
Y haz la copia de la nandroid.
Si alguien te dice que puedes recuperar algo pues mejor claro, pero si no reestablece la rom con Sony Update, flashea con flashtool y mete una rom generica y luego rootea con tw y mete recovery.