aqui el problema es xposed, me pasaba igual, a la hora de reiniciar después de la actualización el tema aplicado no se ve afectado, pero al reiniciar para instalar de nuevo xposed se desconfugura de nuevo el skin de ajustes, probé desinstalando el xposed de nuevo y se arregla, creo q hay q reportar con el desarrollador la incompatibilidad con xposed ya que varios usamos módulos aun estando en una custom rom
