Lo siento por si te sienta mal, pero tienes que leer mas, por tu pregunta se deduce que no sabes que es wipe ni que son las particiones, ni que es ap2sd.
Wipe nunca afecta a la SD.
Por supuesto que la SD sigue siendo Fat32, los datos necesitan Fat32....
Leete las chinchetas, tienes todos los manuales allí, y tambien la informacion de que es wipe, como crear particiones y como activar el ap2sd.