si tienes el binario con knox deberias estar en alguna mas allá de mj5 de bootloader por lo que el problema seria diferente. el contador knox solo es 0 o 1 no llega a 6 asi que el que esta a 6(y se puede resetear) es el de flasheos.
Respondiendo a tu pregunta supongo que no se pierde root pero no puedo asegurarlo. Siempre suponiendo que el bootloader sea mj5 y no alguno superior con el binario
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