Si que se puede, pero intenta instalar las dos cosas juntas.
Es decir abre sin descomprimir el zip de la miui, elimina el boot.img que hay dentro y pones el tuyo de la stock, cierras e instalas.
Prueba lo asi , si sigue dando problemas no tendrás mas remedio que abrir el boot y adaptarlo a miui.
Un saludo
