Para que tienes que desinstalar el HTC Sync para cambiar de ROM? Donde has leído eso? Lo único que se dice es que para el proceso de rooteo se desinstale, luego lo puedes volver a instalar y no hace falta que lo desinstales, a menos que tengas que rootear de nuevo.
Este programa tal vez te sirva para lo que quieres:
http://de.codeplex.com