Una opción es tener los proyectos fuera del directorio workspace, y lo que compartas sea el directorio de proyectos y no el del workspace donde eclipse guarda sus cosas.
Otra es usar un repositorio de versiones como subversion o git en la nube (hay servicios gratuitos y de pago), mucho más potentes para trabajo en equipo y control de cambios aunque pierden la simplicidad de la sincronización continua y transparente de dropbox que quizá te es suficiente.