También me pasó algo parecido pero no creo que sea que no carga apagada sinó que luego muestra mal el porcentaje. Es como una incompatibilidad entre el porcentaje que usa el charger (cargar apagada) y el porcentaje que usa android (driver de la bateria).
Lo que me pasó es que cargándola apagada esperé a que llegara a 100% y entonces al arrancar la tablet se apagaba sola y tuve que arrancarla conectada al cargador. Al entrar en Android mostraba 3% pero dejándola un poco cargando enseguida mostró el porcentaje real +90%.
A parte de eso, las estadísticas de batería se reinician cuando desconectas el cable USB.
Está claro que hay que mejorar lo del driver de batería. Pero por más que miro el código de los drivers no encuentro nada que pudiera dañar la batería, así que en principo es un mal menor hasta que demos con el driver perfecto para nuestra tablet.