Lo mas limpio posible es usar el odin (al menos para mi), pero te recomiendo que quites el lagfix. El tema de que seas root o no, no afecta a flashear la ROM (al menos por Odin o Kies).
El recovery clockwork, es una aplicacion que se supone que puede cambiar la ROM, hacer copia de tu ROM actual... (digo se supone porque no lo he probado).
Yo puse hace dos dias la ROM JPM, que esta muy bien explicada y solo hay que seguir los pasos.
Aquí te explica todo (pero esta en ingles, pero se entiende bien) y te facilitan todos los archivos.
Edit:
Por cierto importante verifica que puedes entrar en modo recovery y downloader.
