1 - diferentes fabricantes y operadoras agregan apps de sistema que tienen equivalente en el playstore. Son las llamadas bloatware. Suele haber listas de bloatware para cada móvil que puedes buscar en google ó en el foro. Por regla general, si hay sustituto equivalente en la playstore puedes desinstalarlas. Cuando en duda, una búsqueda previa en google. Un respaldo se recomienda antes de desinstalar apps de sistema.
2 - el orden de los íconos, carpetas y pantallas del escritorio se contienen en los datos del launcher (app encargada de mostrar los escritorios). Hay launchers de 3ros compatibles con varias roms. El Samsung Home de touchwiz sólo es compatible con roms oficiales de samsung. Si tienes un launcher de terceros, al cambiar de rom usa titanium backup para restaurar el respaldo de las apps y datos, deja la restauración del launcher y sus datos al final y tendrás tus escritorios tal como los dejaste (salvo tener que agregar un par de widgets).
3 - el recovery custom se usa para instalar zips no firmados por samsung. Para instalar las últimas custom roms kitkat se requiere un recovery más actualizado, fuera de eso, a menos que se especifique en el hilo de la rom, con un sólo recovery te vale para cualquier custom rom compatible con el móvil.
4 - en android no requieres rootear ni liberar para poder instalar apps desde fuera. Basta con activar fuentes desconocidas en ajustes > seguridad. Las apps se instalan utilizando el archivo ".apk". Hay varios mercados alternativos como aptoide, amazon apps, etc. Incluso hay apps colgadas como descargas directas (por ejemplo, apps de prueba en foros xda). Aquí sólo cuidado, que sea una fuente de confianza, ya que en apps de descarga directa fuera de markets abunda el malware.
