Un mkv es un contenedor. Dentro pueden venir chorrecientasmil cosas con codecs diferentes. Lo que soporta de serie el sgs son algunos de estos codecs. Os podreis encontrar un mkv que se ve y se oye perfecto y otro que ni se ve ni se oye, asi de crudo.
Por cierto. Menudos lios os habeis hecho con los minikvs y el fat32. El sistema de ficheros fat32 no soporta ficheros de mas de 2gb. Punto. Ya pueden ser misa. Si ocupa mas, te dira que no, o se cortara el copiado cuando pase de esa cifra o en cualquier momento.