@Dani_RR, Y has probado a hacer una copia de los IMEI's con MobileUncle Tools?
Una vez que los tengas recuperados, es muy fácil de hacer, guardas una copia en la sd y otra en el pc o donde quieras.
Cada vez que se te borren, reinstalas la App y recuperas los IMEI's desde el archivo.
Yo no lo he probado, pero si en mi anterior móvil.
Me parece, por lo que comentas, que es un fallo de la rom o del terminal, por que al hacer un Factory reset, no debería machacar los IMEI's.
Que método utilizas para restablecerlos??
Puedes usar este método que usan para el Aquaris 5 en este mismo foro
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=663543
Salu2!