Estos temas son específicos por terminal. En el foro de tu dispositivo encontrarás información más adecuada.
Para contestar alguna de las dudas generales:
El recovery es una partición de recuperación de los dispositivos para realizar operaciones antes de cargar el sistema android. En android hay recoveries modificados ó cocinados por terceros que dan la opción de hacer un nandroid backup.
El nandroid backup es una copia exacta del sistema en el momento que lo realizas (datos externos, por ejemplo almacenamiento sd, no se respaldan en el nandroid backup).
Restaurar el nandroid backup regresará el móvil a ese estado, incluyendo datos y apps internos. Si cambiaste de rom y trasteaste, etc, desaparecerán las modificaciones hechas después del respaldo (contactos agregados, sms recibidos, apps instaladas, datos modificados de apps, etc). Incluso perderás la rom que llevas y regresarás a la que llevabas al hacer el nandroid backup. Como hacer una foto.
Por esa razón, para poder transferir apps y datos de una rom a otra diferente, se usan apps de respaldo. Una de las más famosas y completas es titanium backup.
Los contactos y sms son otra historia, como son apps de sistema, no siempre son compatibles con todas las roms, por lo que se recomienda tener respaldo a parte de contactos y sms/mms. Lo mismo ocurre con otras apps de sistema, por ejemplo las de notas ó reproductores de música específicos de la marca que ya vienen de sistema, hay que exportar sus datos (notas ó listas de reproducción) por separado.
Rootear es reversible. Regresar al estado de fábrica es posible. Pero hay dispositivos que tienen candados, y se queda permanentemente registrado que ha sido alterado en algún momento. Un ejemplo son los bootloaders de algunos sony y el efuse de los nuevos samsung.
Las roms son específicas por dispositivo, con ciertas excepciones cuando comparten procesador, ram, resolución, etc. Instalar una rom en un móvil que no la soporta puede resultar en hardbrick, dejar la memoria interna del móvil irrecuperable, incluso daños físicos a pantalla y cpu por diferencias en voltajes.