Hola
Dennisito27 
Si haces exclusivamente un
factory reset, no se te borrará el sistema, simplemente volverías a los valores de fábrica....
Ahora bien, si haces un wipe completo (seleccionando manualmente todas las opciones de wipes disponibles), si que te quedarías sin sistema.....
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Lo que yo haría, teniendo como tienes abierto el bootloader, con un custom recovery y S-ON, sería descargar una
GuruReset que sea compatible con tu terminal (un
M7_wls, con android
4.1.2) y flashearla, bien por recovery (si logras copiar el zip al dispositivo), bien por el método de
ADB SideLoad... (tienes tutorial en la zona de desarrollo)
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Salu2
