Yo personalmente uso el S-Pen, pero no demasiado.
Si vas a quitar la stock o a poner una con base no stock, yo tengo cyanogenmod y sinceramente, quitando lo de la distorsión con el altavoz y 3 cosas más con las que se puede estar sin problemas (tener que usar reproductores de vídeos "de otros" para ver bien los vídeos, por ejemplo. Te recomiendo VLC o reproductor MX seleccionando en éste último descodificador por software, son insuperables esos dos reproductores) no tengo ninguna queja.
Tengo con cyanogen un Nexus en mi Note 3, pero incluso mejor, porque tengo más RAM y, aunque no sean actualizaciones de android (porque eso es por parte de google), tengo más actualizaciones que con un Nexus
Además, comprobado, cuando sale una nueva versión de android, cyanogen actualiza en nada. Con android 4.4.3 tardaron 4 días (y no es una forma de hablar, mas o menos eso tardaron)
Prueba lo que te apetezca, que es lo bonito de este mundo, pero yo he encontrado lo que buscaba para mi Note 3, (aunque no he probado más aosp en el Note 3, pero dudo encontrar el autentico lujo que tengo en cyanogen con otra rom
)
Un saludo compañero