A mí me ha pasado lo mismo pero no lo soluciono.

En whatsapp tengo dos colores, verde para mensajes y amarillo para grupos. Bien, si añado la aplicación en la lista de notificaciones del propio sistema con la opción "usar valores por defecto" activada -que aparte, creo que esta opción funciona al revés de lo que indica su nombre-; entonces el led se enciende siempre con el mismo color asignado en esa configuración (sea de mensaje o de grupo), lo cual me parece poco práctico.
Sin embargo, si desactivo dicha opción para que se tenga en cuenta la configuración de ajustes de cada aplicación, entonces todas las notificaciones de whatsapp me salen con el color "predeterminado"; es decir, se pasa por el forro la configuración que yo he indicado en whatsapp. Esto, antes de la actualización funcionaba correctamente.

¿ alguien más con el mismo problema ?

Gracias!