Me respondo a mi mismo
Resulta que el Milestone puede reproducir videos en MP4-AVC
Basic Profile. Este último detalle es el importante, ya que muchos conversores (como el Arista) generan MP4-AVC con otro perfil más avanzado y el Milestone no lo reproduce.
En Windows si que puedes encontrar algunos como los de FreeStudio, pero en Linux he conseguido buenos resultados con el ffmpeg; eso sí, soltando un churro de argumentos de espanto.
Sería bueno investigar algo más las opciones de gstreamer ya que el el encoder que usa arista y podría generar un archivo de configuración (json) que generara MP4-AVC Basic Profile...
Siempre se puede usar Wine...