El semaphore manager te vale para ajustar las opciones básicas de cualquier kernel (overclocking, planificadores, voltages, etc). Ahora bien para opciones especificas (touchwake, bigmen) si el kernel no las tiene incorporadas no va a hacer nada.
Te pongo un ejemplo práctico, yo ahora mismo tengo el semaphore manager y el último mackay, y le tengo activado el touchwake y funciona. Si ahora le meto el neo aunque tenga activada la opción del touchwake me va a dar igual porque ese kernel no tiene eso. Pues con el bigmen pasa igual.