Hola.
A mi me pasó algo parecido pero con otras custom roms. Y cuando instalaba la de stock la 4.1.B.0.587 se me solucionaba.
Posiblemente lo que ocurre es que tengas que cambiar también a un kernel stock si estás con otro kernel.
Recuerdo que yo la primera vez que me pasó hice eso, cambiar la rom y también el kernel.
Poner los dos de stock. En cuanto al kernel usé el super stock boot v3 que está en el recopilatorio de kernels.
Nada más flashear las dos cosas y reiniciar se solucionó el problema.
Despúés habría que hacer un calibrado de batería.