Para crear un navigation drawer puedes seguir estos consejos:
http://developer.android.com/trainin...av-drawer.html
como ves, tienes que modificar los layouts dónde quieras que aparezca el menú. El DrawerLayout tiene que ser el padre de todos.
Si quieres un menú normal, aquí:
http://developer.android.com/guide/topics/ui/menus.html
Y en cuanto a los .java, pues depende de si son fragments (puedes poner el menú sólo en main) o son activities. Si cada uno es una activity independiente... te va a llevar algo de tiempo. En este caso yo te recomendaría:
1) Crear una Base_Activity extendes Activity
Poner aquí todos tus métodos comunes, como puede ser los del menús
2) Cada una de tus activities, en lugar de heredar de Activity, hereden de Base_Activity dónde ya tienes declarado el menú y si quieres haces un Override para ciertas activities que quieras con un menú diferente
No sé si esto cuadra en tu app pero no se me ocurre otra cosa