Entonces lo único que te queda probar es hacer un backup de la tarjeta sd en la pc e inicializar el app2sd completo formateando nuevamente la tarjeta.
La partición de las aplicaciones no la podrás ver así que deberás usar una aplicación como MyBackup Pro (se encuentra en el apktor, y creo que tambien en los archivos del foro) antes de copiar la tarjeta a la pc.
Si así funciona bien, restaura las aplicaciones que te interesa y listo.