Hola Kevinlopez97,
Para recibir la OTA y poder instalarla es preciso que tengas el recovery stock como comentas. En la última OTA que recibí, yo tenía el teléfono con root y no me dio problemas, sencillamente lo perdí y tuve que volver a rootearlo.
El bootloader y el S-OFF no afectan en absoluto.
Un saludo