Para resumir, SI, si al hablar de actualizar te refieres a cambiar el sistema operativo (instalar una ROM nueva), efectivamente se borrará todo lo que tengas instalado.
Te toca hacer inventario de lo que tengas instalado y buscar los "fuentes" para volver a instalar, la buena noticia: seguro que hay programas - o versiones - más recientes y con mejores funciones. Yo he instalado la ROM de epl hace un ratito y

va de fábula! ÁNIMO