Cuando pasas apps a la Sd no las pasas a la micro, lo haces a la partición de medios de la interna, y además no pasa entera a la partición del dispositivo, quedan las secciones de inicio y demás.
Si tienes poca memoria/espacio te seguirá pasando, borra apps de sistema que no uses y verás que ya no te pasa .Si quieres las vuelves a instalar desde el Gplay y entonces las pasas a la SD). Verás que las apps de sistema nunca te desaparecen porque está en la partición protegida de sistema y que además no se pueden mover.
Sí, es un lío, porque cada modelo tiene una nomenclatura particular para denominar las particiones, lo que para unos es la interna para otros es SD, y otros llaman SD a la extSd, un lío padre.