En kitkat aunque este odex tiene classes.dex dentro de cada apk (aunque eso es de los smali, pero seria el equivalente a los .odex), y de todas formas los xml estan en resources.arsc algunos tipo los de res/values, los demas de layout y esos suelen estar al descomprimir la apk en si, incluido el manifest asi que no se
Prueba a abrir la apk con winrar, 7zip o lo que sea y mira si tiene el androidmanifest.xml, resources.arsc y la carpeta res, y tambien si es de kitkat classes.dex. Si falta algo pues es tu apk, si no prueba con la ultima beta de apktool que podria ser eso
