He probado un par de aplicaciones gratuitas que nos salen en el market para controlar las descargas del jdownloader de nuestro PC y ambas funcionan perfectamente.
Se llaman jWatcher y jDownloaderRC y antes de nada es necesario que nuestro movil tenga acceso por wifi a nuestro PC.
También necesitamos configurar el jdownloader de nuestro PC, en complementos, administrador de complementos debemos activar uno llamado JD control remoto. Luego en la columna de la izquierda pulsais en JD Control Remoto y al final os saldrá el puerto que vais a utilizar. Por defecto os saldrá el 10025, a mi me ha funcionado con este, si no os funcionara podéis utilizar otro que si tengáis abierto en vuestro router.
Ahora es necesario configurar la aplicación del movil, ya sea con jWatcher y jDownloaderRC en ambas en setting debeís poner la dirección ip de vuestro PC en la red local (normalmente será del tipo 192.168.1.x) y por último comprobad que el puerto es el mismo que teneis activo en la jdownloader del PC.
Si utilizais el jWatcher el "save" para guardar los cambios de la configuración aparece abajo del todo y casi no se ve.