Buenas,
Según he leído en la web del desarrollador de stop-motion (
http://sheado.net) la animación se crea automáticamente:

Cita:
...Just setup your stop-motion scene, shoot a frame, adjust and repeat. Once you're done Stop-Motion for AndroidTM will automatically string together all the frames into an .mov movie...

Lo que pasa, según ellos, es que sólo se pueden ver con VLC o, una vez subidos, en YouTube:

Cita:
Currently only VLC media player and YouTube can playback Stop-Motion videos.

Por supuesto dicen que puedes convertirlo en el formato que quieras con herramientas como FFmpeg.
Espero te sirva de ayuda.
Saludos.