Te refieres para flashear desde recovery?
No conozco ninguna app.
Es fácil hacerlo manualmente, y mucho más corriendo procesos por lotes (.bat en windows) que llamen al adb (android debug bridge), en combinación con 7zip en versión línea de comandos es una pasada. Ó directamente desde android corriendo scripts.
No hay gran ciencia, los zips flasheables traen una carpeta META-INF/com/google/android/updater-script. El archivo updater script trae las instrucciones que el recovery realizará. Por lo general es copiar los archivos .apk de algún lugar del zip a un directorio dentro del móvil.
Abre un par de zips y mira cómo están estructurados para hacerte una buena idea. Después es editar el updater-script (recomiendo Notepad++) y cambiar el directorio al que quieres que se copien los archivos: "system/app" para instalar como apps de sistema integrada en la rom, "data/app" para instalar como apps de usuario, "data/data" para los datos internos de las apps.