Hola,
El código diseñado para ejecutarse en un pc con windows NO ES ejecutable en un ppc (como pueden ser los virus/troyanos/spyware/malware), por lo tanto puedes estar tranquilo.
Lo mismo que si se creara un troyano para infectar pda's con windows mobile, no afectaría al funcionamiento de un pc con windows, simplemente porque ese ejecutable no funciona en esa plataforma.
Saludos!