Los dos están bien.
Yo siempre usé cwm pero últimamente metí twrp porque algunas cosas son más cómodas.
Por ejemplo puedes usar la pantalla táctil y no tener que depender de la bolita.
Luego si quieres flashear una rom y las gapps y otro zip con alguna cosa extra, con cwm tienes que ir uno a uno flasheando, con twrp puedes decirle que lo haga todo seguido, le dices cual es la rom y luego las cosas extra.