No comprendo muy bien donde dices que se quedan los archivos...
Supongo que estás hablando de hacerlo sobre linux todo esto, y que montas la tarjeta en /mnt/sd...
Si lo estás haciendo desde linux especifica distribución y te guiaremos para montar la SD en condiciones y que puedas copiar las cosas sin mayor problema.
Si con backup te refieres a Nandroid, tienes que copiar la carpeta nandroid a la raiz de la SD
Si con backup te refieres a aplicaciones y demas, dependerá del software que utilices, ya sea titanium backup, o mybackup o el que sea, cada uno tiene su carpeta independiente para estas cosas
Danos mas datos de lo que te pasa, porque como ves, te puedo dar muchas opciones, pero no se realmente el problema que tienes.
Un saludo!