Si sigues usando el A2SD aunque estés en Eclair yo creo que te pasará igualmente y el porque ocurre es sencillo. Si usas A2SD la tarjeta tiene 2 particiones la ext y la FAT, tu montas la FAT en el PC y le copias lo que quieres, pero Android sigue trabajando con la ext porque en ella tiene aplicaciones, datos y tal vez la dalvik cache si estas usando A2SD+. Esto significa que mientras tu escribes en la FAT, Android puede estar leyendo o escribiendo en la ext y de ahí los tirones que aprecias, copia rapido cuando Android no hace nada y copia más despacio cuando Android no esta usando la ext, la tasa de transferencia total tal vez sea la misma pero tu la aprecias menor porque no estas teniendo en cuenta la que esta siendo ocupada para usar la ext.
No creo que sea un problema como tal si realmente estas usando A2SD o A2SD+, sino más bien no tener claro que esta pasando. Si por otra parte no estas usando A2SD entonces si falla algo y lo recomendable es reparticionar la SD con 1 única partición.
No se si esto te servirá ya que no te he sabido encontrar el enlace, pero para mi es de lo más comodo, encontré un script en linux, que me permite integrar con el Escrituro acciones con ADB usando el click derecho, y ayer mismo me modifique 2 (Enviar a la SD e Instalar en Android) para que en lugar de usar ADB por el cable USB lo hagan por Wifi usando ADB Wireless. Si encuentras algo similar para Windows incluyelos aquí y te los modifico para funcionar por WiFi, de este modo no tendrás que desmontar la SD y podrás hacer una transferencia vía Wifi.