La tasa de transferencia se ve reducida porque android sigue escribiendo en la ext mientras que el pc lo hace en la fat32.
Hace días salió que la SD se corrompia porque android y el so donde se monta la sd ambos intentan escribir a la vez en la sd cuando ni debería ser así y el so del pc considera datos corruptos los introducidos por android durante ese rato y dejando la sd la mayoría de veces corrupta del todo. Por eso los problemas desaparecen al enviar los archivos ala sd vida wifi como ha comentado otro compañero.
No se sabe exactamente porque ocurre pero es un problema conocido tanto con rom's con root como sin, ya que depende de las aplicaciones que escriben en la sd mientras esta solo debería ser posible desde el pc.