Quiero aportar mi granito de arena pues en cierto modo a muchos seguro que nos ha pasado algo parecido pero se puede arreglar facilmente y hay puntos que tienes que seguir para que no te vuelva a pasar nada malo con tu sd.
Desde que descubrí programas como el wifi file explorer no he vuelto a usar el "disco extraible por usb" con la Desi pero cuando lo hacia me dí cuenta de algunas cosas que fallan si haces el proceso de desconexion pc-desire como se debiera. Me explico. Bien es sabido por casi todo usuario de ordenador y memorias flash que cuando la vallas a desconectar debes desconectar la memoria y/o dispositivo con seguridad, o lo que es lo mismo, decirle al sistema que la vas a desconectar, si no los datos a veces "vuelan"

Lo que me he dado cuenta y no le habia puesto atencion (claro, ahora he caido) es que
siempre que desconecto la desi del usb y la tengo puesta como usb
nunca la desconecto con seguridad. Pues bien si haceis la prueba, no a la 1ª, ni a la 2ª pero vereis como la sd se os queda tocada si no haceis del modo "correcto", osea , desconectandola con seguridad. Despues hay que repararla si no va a "tirones" el sistema o da error de solo lectura...
Mira a ver si lo estas haciendo de esa forma y sacamos el problema

. De todas formas coge un lector de sd y la conectas al ordenador y le haces una comprobacion de disco marcando las dos opciones, esperas un poco y despues la pruebas a ver que tal

(si no la pones en modo disco extraible). Tampoco estaría mal que desde el recovery, con el AmonRA, hagas un repair:sd, en las opciones de la sd
Tambien puedes hecharle un ojo a este post donde pasaba algo parecido a lo que a ti
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=134758
Si no se soluciona deberas comprar una nueva SD
Espero ser de ayuda.