En efecto ese teclado es el de HTC. Ten cuidado si lo borras, yo nunca lo he hecho y no sé si puede dar algún problema. Con respecto a las aplicaciones que comentas, las puedes borrar sin problemas.
Reinicias en recovery, haces los wipes y sin reiniciar (puesto que te reconstruiría la cache) flasheas el archivo de la ROM.
Si no te importa que te quede alguna de esas sombras (cosa que no es segura) no deberías tener ningún otro problema

