Con respecto a la estructura del zip es como dices. Es tan sencillo como cogerlo de plantilla y cambiar las apk's que quieras instalar.
Estos días he estado peleándome con el update-script para crear uno desde cero pero no ha habido manera, así que lo que hago es "captar" las apk haciendo un amago de actualización desde el market y aprovecharme de cualquier zip que funcione bien (de algún framework o de lo que sea).
Lo de borrar las apk's que no te interesen... Por qué no lo haces vía ADB? Es más, yo recuerdo haber borrado alguno hace tiempo con SUFBS, aunque es cierto que no me funcionaba siempre (no recuerdo si era por la versión de la ROM o por qué...)
De todas formas, hacerlo así tiene un inconveniente:
Supón que borras el footprints y su widget. Pues bien, cuando hayas reiniciado (aunque hagas wipe de cache y de dalvik cache) y vayas a añadir un widget en el escritorio, verás que en la lista de widgets te aparece uno con un nombre extraño que en realidad no hace nada. Es una "sombra" del widget que has borrado. Así que supongo que no basta sólo con borrar las apk.
Una forma que no he probado nunca (y que quizás te funcione) es modificar el zip de la ROM (en tu caso el de la 5.3) y reinstalarla habiendo quitado lo que no quieres haciendo sólo los wipes de la cache y la dalvik.

Y por cierto... Yo no sé qué fallos dirá la gente que tiene la 7.6.1 pero yo no tengo ni uno solo. La verdad es que me va a costar cambiar esta ROM...