Te cuento mi experiencia personal, no se hasta que punto es cierto lo que te puedo decir o no, asi que tampoco me hagas demasiado caso.
Para empezar segun tengo entendido CyanogenMOD usa su propio boot.img / recovery
El recovery (vamos a llamarlo tipico) no es compatible con JB (y alienROM está basado en JB)
El recovery, que yo sepa, normalmente se pierde al flashear una ROM nueva. En el caso de estar en JB habria que reinstalar dicho recovery PERO como no es compatible, ademas hay que flashear un kernel para el recovery, que esta basado en ICS, y ahora si podras entrar al recovery y hacer lo que tengas que hacer
Supongamos que lo que quieres el limpiar cache instalar un mod o algo similar (que no vas a cambiar de ROM vaya...)
Entras al recovery haces los cambios... reinicias... y OH! SORPRESA! no inicia!
Esto se debe a que estas intentando iniciar una ROM JB (en el caso de AlienROM) sobre un kernel ICS, asi que deberas reflashear una vez mas el kernel (en este caso) de JB
Espero haberte ayudado un poco
Un saludo!
