Depende de como la aplicación gestione las notificaciones... pero vamos, yo desde el principio vi que lo habitual es que las notificaciones del centro de notificaciones, si las borras, se mantienen en el tile.
Pero si entras en el tile y ves los mensajes, si que se borran del centro de notificaciones...
Vamos, ese es el comportamiento normal de whatsapp, telegram, line, mail, etc