Necesitas apktool y este comando
Código:
ava -jar SignApk.jar testkey.x509.pem testkey.pk8 semcmusic.apk semcmusic_signed.apk ( es el nombre de la apk que vayas a firmar, ese es un ejemplo)
Pasate por aquí para más información
http://forum.xda-developers.com/show....php?t=2195680